Johannes Stolte studierte Kirchenmusik an der Universität der Künste Berlin, u. a. bei Kai-Uwe Jirka und Frank Markowitsch (Chorleitung) sowie bei Harry Curtis (Orchesterleitung). Eine prägende Erfahrung war ein ERASMUS-Semester an der Eesti Muusika- ja Teatriakadeemia in Tallinn/Estland bei Tõnu Kaljuste (Chorleitung). Von 2015 bis 2017 war er Stipendiat im Forum Dirigieren des Deutschen Musikrates.

Er war er künstlerischer Mitarbeiter an der Universität der Künste Berlin, wo er Chorleitung unterrichtete und Leitungsaufgaben beim Staats- und Domchor übernahm. Choreinstudierungen und Assistenzen führten ihn u. a. zu Iván Fischer und den Berliner Philharmonikern sowie zu Hans-Christoph Rademann und der Gaechinger Cantorey. Zudem nahm er an Kursen unter der Leitung von Simon Halsey, Gijs Leenaars, Frieder Bernius und Jörg-Peter Weigle teil und dirigierte Chöre wie den Rundfunkchor Berlin und den Kammerchor Stuttgart.

Seit September 2019 ist Johannes Stolte Regionalkantor in Berlin-Kreuzberg und arbeitet daneben als freiberuflicher Chordirigent und Dozent. Konzerte als Solist und Kammermusikpartner an Orgel, Cembalo und Klavier runden seine vielseitige Tätigkeit als Chorleiter, Organist und Pädagoge ab.